La misma sala dos veces: a la izquierda construida desde un documento JSON con sceneFromDoc, a la derecha escrita a mano. Dibujan lo mismo, y eso es todo lo que promete el formato.
sceneFromDoc devuelve una función de escena normal: a partir de ahí nada en el motor sabe de dónde salió, así que arrancarla, cambiar a ella, tapar el cambio con una transición y pausarla no son cosas que el formato tuviera que añadir. Y como su cuerpo llama al mismo createSprite que llamarías tú, el formato no puede expresar nada que la API del motor no sepa construir.